衛(wèi)生與安全
公共衛(wèi)生方面，在沒有中央政府補(bǔ)助的狀況下，臺(tái)北市的家戶接管普及率由1998年的28.8%提升到2008年五月的88%，改善大臺(tái)北地區(qū)的河川污染問題。而與水費(fèi)分開收取的垃圾費(fèi)隨袋征收實(shí)施，提高了臺(tái)北市資源回收率，以回收比率來看，1999年，也就是實(shí)施垃圾費(fèi)隨袋征收前，資源回收比率是7.83%，實(shí)施垃圾費(fèi)隨袋征收后，2003年底資源回收比率成長到28%；從開始實(shí)施垃圾費(fèi)隨袋征收后，臺(tái)北市的總廢棄物量，也從1999年的26公噸，減少到2004年的12公噸。
2003年SARS期間和平醫(yī)院爆發(fā)嚴(yán)重院內(nèi)感染，北市府組成專案調(diào)查小組，檢討出院內(nèi)感染的主要原因有三點(diǎn): 一、在劉姓洗衣工發(fā)病后至通報(bào)前未采適當(dāng)隔離措施。二、警覺性不夠。三、防護(hù)措施未能嚴(yán)格落實(shí)執(zhí)行。因而導(dǎo)致院內(nèi)感染而封院，并且召回醫(yī)護(hù)人員。在行政院要求下，和平醫(yī)院即召回九百卅名員工，集中隔離，相關(guān)人員家屬則采居家隔離，和平醫(yī)院醫(yī)護(hù)人員及員工計(jì)有57人疑似感染，其中7人死亡，50人住院，民眾部分則有97人疑似感染，24人死亡。當(dāng)時(shí)的市立和平醫(yī)院林重威醫(yī)師在治療染煞洗衣工時(shí)，受感染而犧牲，林父要求臺(tái)北市政府為封院政策不當(dāng)?shù)狼福⑶髢斠辉Ｗ詈蠓膳袥Q，由國家賠償748萬元。
馬英九市府推動(dòng)市立醫(yī)院整并，將10家市立醫(yī)院整并成一家市立聯(lián)合醫(yī)院，市醫(yī)整并之后因?yàn)樽h價(jià)能力提高，一年的藥價(jià)成本節(jié)省了6億5000萬元。不過，臺(tái)北市立聯(lián)合醫(yī)院成立不久卻發(fā)生了邱小妹妹人球案，遭受邱父虐傷的邱小妹妹無法在擁有豐沛醫(yī)療資源的臺(tái)北市救治，轉(zhuǎn)送到臺(tái)中縣童綜合醫(yī)院急救而腦死，衛(wèi)生局長張珩為此下臺(tái)負(fù)責(zé)
中國國民黨主席
主條目：2005年中國國民黨主席選舉
2004年中華民國立法委員選舉過后，連戰(zhàn)宣布不再續(xù)任中國國民黨黨主席。2005年2月被視為國民黨接班人的馬英九宣布參選，而立法院長王金平在連戰(zhàn)多次表示不再續(xù)任以后，宣布參選。2005年7月選舉結(jié)果，馬英九擊敗黨內(nèi)對手王金平取得國民黨主席職位。選戰(zhàn)過后，馬英九多次表示預(yù)留第一副主席職位給王金平，惟王予以拒絕。
馬英九上任黨主席以后，國民黨面對的是12月的縣市長選舉。由馬英九主導(dǎo)的該次選舉，國民黨一舉拿下14席，連同泛藍(lán)縣市一共17席。民進(jìn)黨只余下6席，馬英九極力輔選的國民黨周錫瑋且拿下了民進(jìn)黨執(zhí)政多年，具有指標(biāo)性的臺(tái)北縣。泛綠長期經(jīng)營的宜蘭縣及嘉義市也由國民黨拿下。
2005年當(dāng)選嘉義市長的立委黃敏惠就任市長，依法必須補(bǔ)選一席立委。同時(shí)，屬泛藍(lán)陣營的臺(tái)東縣長吳俊立因案請辭縣長，必須補(bǔ)選縣長。嘉義市選民結(jié)構(gòu)綠大于藍(lán)，故該補(bǔ)選被視為泛藍(lán)對泛綠的對決，國民黨提名前國大代表江義雄。選舉的結(jié)果，國民黨獲得嘉義市一席立委，臺(tái)東縣則由國民黨提名的吳俊立前妻鄺麗貞當(dāng)選。
2006年6月的倒扁風(fēng)潮，馬英九倒扁的態(tài)度不夠明確，不但被支持者指“猶豫不決”，其聲望也下滑到新低。據(jù)統(tǒng)計(jì)，馬英九的支持度從4月的71%下滑至51%。同年12月舉行臺(tái)北高雄市長選舉。馬英九、新黨黨主席郁慕明協(xié)調(diào)后，曾任環(huán)保署長的新黨黨員郝龍斌終于返回國民黨，并一路擊敗對手取得最后國民黨提名資格且當(dāng)選臺(tái)北市市長。惟高雄市方面，國民黨提名人黃俊英以些微差距敗北。
首長特別費(fèi)案
主條目：中華民國首長特別費(fèi)事件
2006年5月起，民進(jìn)黨籍立委謝欣霓、北市議員徐佳青等人，開始質(zhì)疑并檢舉馬英九特別費(fèi)。同年8月4日謝欣霓等人向高檢署查黑中心檢舉，指馬英九臺(tái)北市長任內(nèi)首長特別費(fèi)，疑遭馬英九挪用當(dāng)成生活費(fèi)，查黑中心簽分“查字第十八號”案，由檢察官侯寬仁負(fù)責(zé)調(diào)查。歷經(jīng)七個(gè)多月審理，查黑中心在2007年2月13日偵結(jié)馬英九特別費(fèi)案，認(rèn)定馬英九報(bào)領(lǐng)特別費(fèi)后存于私帳、沒有實(shí)際支出，就已構(gòu)成貪污，臺(tái)北地檢署依貪污治罪條例第五條第一款“利用職務(wù)機(jī)會(huì)詐取財(cái)物”將馬英九起訴，余文則被依貪污及偽造文書罪起訴。被起訴的同日，馬英九正式宣布參選2008年中華民國總統(tǒng)選舉，并依承諾辭去中國國民黨主席職務(wù)，然此案于同年8月17日臺(tái)北地方法院一審宣判無罪，檢方隨后提起上訴。2007年12月28日臺(tái)灣高等法院二審宣判，駁回檢方上訴，維持一審無罪判決。 2008年1月3日馬英九認(rèn)為侯寬仁檢察官有涉及筆錄不實(shí)偽造文書的嫌疑而提告侯寬仁。全案經(jīng)檢方提起上訴后，最高法院在2008年4月24日駁回上訴，全案三審定讞，馬英九獲判無罪。
2008年“總統(tǒng)”選舉
2008年1月27日完成登記，以中國國民黨候選人身分參選“總統(tǒng)”，并抽簽成為二號參選人。3月22日，以765萬9014票，58.45％的得票率擊敗民主進(jìn)步黨的謝長廷，當(dāng)選“中華民國總統(tǒng)”。
馬英九 - 領(lǐng)導(dǎo)人時(shí)期
就職：
2008年5月20日，馬英九在總統(tǒng)府宣誓就職，正式就任第十二任臺(tái)灣地區(qū)領(lǐng)導(dǎo)人，其后前往臺(tái)北小巨蛋舉行就職大典，并以“人民奮起，臺(tái)灣新生”為題發(fā)表就職演說。就職當(dāng)晚在高雄市漢來大飯店舉行國宴，款待來自世界各地的與會(huì)貴賓。5月22日，中國國臺(tái)辦主任陳云林對馬英九的就職演說作了回應(yīng)。
八二三金門談話：
2008年8月24日在八二三炮戰(zhàn)50周年紀(jì)念大會(huì)中馬英九表示，金門與廈門興建大橋?qū)⒃谀甑淄瓿稍u估，要把金門從戰(zhàn)爭的記憶，轉(zhuǎn)變?yōu)楹推降南笳鳎瑑砂蛾P(guān)系的歷史機(jī)遇，千載難逢，要把和平思維的幼苗種在兩岸的每一顆心靈中。
633政見跳票
主條目：633政見
633政見為馬英九所提出的選舉政見。該633政見內(nèi)容，即承諾臺(tái)灣達(dá)成經(jīng)濟(jì)成長率百分之六、年平均國民所得三萬美金以上及整體失業(yè)率百分之三以下的經(jīng)濟(jì)目標(biāo)。 2008年9月3日，馬英九在墨西哥《太陽報(bào)》系集團(tuán)董事長瓦斯·蓋茲專訪時(shí)坦承選舉擎畫的633政見無法于短時(shí)間內(nèi)兌現(xiàn)。無法兌現(xiàn)的理由是世界整體經(jīng)濟(jì)情勢不佳。對于馬英九自承633政見無法短時(shí)間達(dá)成，多數(shù)媒體均以“跳票”形容。事后更指出，633政見要在第二任才可能完成。
嗆馬大游行
馬英九上任后，對中國大陸提出的兩岸政策被民主進(jìn)步黨等在野政黨批評不斷后退、自我矮化，且在中國大陸毒奶粉事件及全球金融風(fēng)暴的應(yīng)變也被批評毫無章法。因此，民主進(jìn)步黨在2008年10月25日舉辦游行提出五大訴求（反一中市場、反無能政府、反淘空主權(quán)、反一中學(xué)歷、反黑心商品），以對國際社會(huì)表達(dá)臺(tái)灣人民對馬政府親中的不滿及憤怒。
第二次陳江會(huì)談
2008年11月4日在臺(tái)北圓山飯店舉行的兩岸協(xié)商談判。雙方由海峽交流基金會(huì)董事長江丙坤與海峽兩岸關(guān)系協(xié)會(huì)會(huì)長陳云林率領(lǐng)代表團(tuán)，針對兩岸包機(jī)直航新航線及增加班次與航點(diǎn)、兩岸海運(yùn)直航、全面通郵、食品安全管理機(jī)制，以及面對世界金融風(fēng)暴兩岸如何應(yīng)對等問題進(jìn)行協(xié)商。是次會(huì)談達(dá)成多項(xiàng)共識(shí)。主要分為三個(gè)部分，一是就第一次陳江會(huì)達(dá)成的兩項(xiàng)協(xié)議進(jìn)行檢討。二是就下午簽署兩岸空運(yùn)、海運(yùn)、郵政、食品安全四項(xiàng)協(xié)議最后確認(rèn)文本。第三就是對未來的兩岸關(guān)系情勢及協(xié)商交流議題進(jìn)行交換意見，并且達(dá)成初步共識(shí)。
馬英九亦在臺(tái)北賓館接見海基、海協(xié)兩會(huì)會(huì)談人員。表示，這次兩會(huì)協(xié)商，象征兩岸關(guān)系向前邁出一大步，這項(xiàng)發(fā)展不僅符合兩岸人民的期望，也對兩岸穩(wěn)定繁榮做出貢獻(xiàn)。然而，臺(tái)灣社會(huì)對于第二次陳江會(huì)談抱持正反不同態(tài)度。抗議群眾更在陳云林訪臺(tái)期間與警方數(shù)度爆發(fā)流血沖突。此外，圍城行動(dòng)更造成超過200人受傷，其中包含149名警察。而馬英九則發(fā)表對反對聲音以及抗?fàn)幓顒?dòng)的回應(yīng)。
二次江陳會(huì)落幕后，民調(diào)顯示兩岸透過協(xié)商尋求開放經(jīng)貿(mào)，超過半數(shù)的民眾表示支持，并肯定江陳協(xié)議的內(nèi)容。但是對于馬英九接見陳云林的安排，民眾則是評價(jià)兩極端，依照各自支持的政黨，有完全不同的結(jié)果。